1. Vladina zavjera :Bourne je izvorno bio visoko obučeni CIA-in ubojica poznat kao "David Webb". Međutim, nakon što je lažna operacija pošla po zlu, patio je od amnezije i postao civil bez sjećanja na svoju prošlost. CIA i druge vladine agencije nastoje ga eliminirati kako bi prikrile tajne programa Treadstone, tajnog projekta crnih operacija koji je stvorio Bournea i druge ubojice poput njega.
2. Blackbriar :Blackbriar je organizacija nasljednica Treadstonea koju su osnovali bivši dužnosnici CIA-e. Žele kontrolirati Bournea i koristiti njegove vještine za vlastite tajne operacije. Međutim, Bourne postaje prijetnja njihovim planovima zbog svoje neovisne prirode i rizika od razotkrivanja njihovih aktivnosti.
3. Kirill i ruska vlada :U nekim slučajevima, Bourneovi postupci dolaze u sukob s interesima ruske vlade, posebno lika Kirilla. Kirill je visokorangirani ruski obavještajni časnik koji se želi osvetiti Bourneu za postupke iz prošlosti koji su uključivali smrt voljenih osoba. On Bournea smatra osobnim neprijateljem i nastoji ga eliminirati.
4. Osobno neprijateljstvo :Dok Bourne otkriva istinu o svojoj prošlosti i zavjerama koje ga okružuju, nailazi na pojedince koji razvijaju osobnu osvetu protiv njega. Ti pojedinci mogu biti bivši kolege ili neprijatelji koji se osjećaju izdano ili nepravo zbog Bourneovih postupaka, što ih motivira da traže osvetu.
Važno je napomenuti da se razlozi zbog kojih se želi ubiti Bournea razlikuju ovisno o specifičnim zapletima knjiga ili filmova serije o Bourneu, a ne moraju svi ovi razlozi biti prisutni u svakoj priči.