Matilda se također suočava s problemom suočavanja s tiranskom ravnateljicom svoje škole, gospođicom Trunchbull, čije grube i opresivne metode stvaraju neprijateljsko okruženje za učenike. Matilda postaje odlučna suprotstaviti joj se, koristeći svoje izvanredne mentalne moći, uključujući telekinezu, kako bi razotkrila okrutnost i nesposobnost gospođice Trunchbull i unijela pozitivne promjene u školu.
Još jedan problem s kojim se suočava jest postizanje pravde za gospođicu Honey, dobrodušnu učiteljicu prema kojoj se gospođica Trunchbull loše odnosila. Matildini napori da pomogne gospođici Honey naposljetku dovode do uklanjanja gospođice Trunchbull i sretnijeg okruženja za učenike u školi.