Kroz cijelu pjesmu, Bieber se poziva na koncept molitve kao moćnog alata za povezivanje s višom silom i pronalaženje mira u vremenima nesigurnosti. Stihovi istražuju ideju obraćanja Bogu za pomoć, utjehu i snagu da se prevladaju prepreke.
Pjesma se također dotiče teme ljudske ranjivosti. Bieber priznaje vlastite slabosti i težinu svojih borbi, ali također izražava osjećaj nade i vjere u suočavanju s nevoljama. Stihovi sugeriraju da mu molitva pruža osjećaj unutarnje snage i otpornosti, dopuštajući mu da se hrabro i ustrajno suoči s izazovima.
Sve u svemu, pjesma "Pray" prenosi poruku traženja duhovne potpore i vodstva u teškim vremenima te pronalaženja utjehe i snage kroz molitvu. Naglašava snagu vjere i uvjerenje da obraćanje višoj sili može pomoći pojedincima da nadvladaju osobne borbe i pronađu nadu usred izazova.