Petrucci koristi Ernie Ball Music Man gitare od ranih 1990-ih, a njegovi prepoznatljivi modeli su među najpopularnijim gitarama na svijetu. Njegovi prepoznatljivi modeli uključuju John Petrucci Majesty, John Petrucci BFR i John Petrucci JPX.
Ibanez
Petrucci je također koristio Ibanez gitare 1980-ih i ranih 1990-ih. Njegova najpoznatija Ibanez gitara je Ibanez RG550, koju je koristio na prva dva albuma Dream Theatera.
Fender Stratocaster
Petrucci je također povremeno koristio Fender Stratocaster gitare, posebno za čiste i bluesy tonove.