Mozart i Schikaneder blisko su surađivali na stvaranju opere. Djelo su u početku zamislili kao bajkovitu operu, no s vremenom se razvilo u ozbiljnije i složenije djelo koje istražuje teme ljubavi, prijateljstva te potrage za mudrošću i prosvjetljenjem.
Mozartova glazba za Čarobnu frulu odlikuje se ljepotom, raznolikošću i emocionalnom dubinom. Opera sadrži širok raspon glazbenih brojeva, uključujući arije, duete, ansamble i zborove, kao i instrumentalne odlomke koji pojačavaju dramatičnost priče.
Uspjeh Čarobne frule osigurao je Mozartu reputaciju jednog od najvećih skladatelja opere. I dalje se redovito izvodi diljem svijeta i smatra se jednim od remek-djela operne literature.