- Glazba za orkestar:
- Brandenburški koncerti (1721.)
- Orkestarske suite (1720.-1723.)
- Koncerti za violinu (1717.-1723.)
- Glazba za tipkovnicu:
- Dobro temperirani klavir (1722., 1744.)
- Goldbergove varijacije (1741.)
- Francuske suite (1722.-1725.)
- Invencije i simfonije (1723.)
- Glazba za orgulje:
- Toccata i fuga u d-molu (oko 1703.-1707.)
- Passacaglia i fuga u c-molu (oko 1708.)
- Preludij i fuga u G-duru (oko 1730.-1735.)
- Vokalna glazba:
- Muka po Mateju (1727.)
- Muka po Ivanu (1724.)
- Magnificat (1723.)
- Božićni oratorij (1734.-1735.)
- Ostala djela:
- Das Musikalische Opfer (Glazbena ponuda) (1747.)
- Umjetnost fuge (oko 1749.-1750.)
- kantate (preko 200)
- Mise (6)