Najranije bongose vjerojatno su razvili porobljeni Afrikanci na Kubi koji su ih koristili za stvaranje glazbe i izražavanje. S vremenom su bongosi postali glavni dio kubanskih glazbenih žanrova kao što su son, rumba i salsa. Također su ih prihvatile i druge zemlje Latinske Amerike i na kraju su se proširile po cijelom svijetu.
Bongo bubnjevi odigrali su značajnu ulogu u razvoju različitih glazbenih stilova, uključujući jazz i latino jazz. Početkom 20. stoljeća bongose su u jazz glazbu uveli slavni udaraljkaši poput Chana Poza i Tita Puentea. Postali su popularan instrument u raznim jazz bendovima i pridonijeli spoju jazza i latino ritmova.
U Sjedinjenim Državama bongosi su stekli popularnost tijekom 1950-ih i 1960-ih kao dio eksplozije latino glazbe. Sudjelovali su u glazbi umjetnika kao što su Tito Puente, Machito i Celia Cruz. Bongosi su se također našli u rock i pop glazbi, gdje su se koristili za dodavanje udarnog elementa pjesmama.
Danas bongosi ostaju neizostavni instrument u mnogim glazbenim žanrovima, uključujući latino glazbu, jazz i razne oblike popularne glazbe. Obično se koriste u ansamblima udaraljki, a također su uključeni u programe glazbenog obrazovanja diljem svijeta.
Povijest bongo bubnjeva svjedočanstvo je njihove svestranosti, izražajnosti i sposobnosti da okupe ljude kroz glazbu. Oni su simbol kulturne razmjene, kreativnosti i bogate tradicije afro-kubanske glazbe.