Juanes je također poznat po korištenju gitara Gibson i Fender, kao i instrumenata izrađenih po narudžbi od raznih luthiera.
Ovdje su neke od gitara za koje je poznato da Juanes koristi:
* Martin D-28:Ovo je Juanesova glavna akustična gitara, a koristio ju je na brojnim snimkama i nastupima. D-28 je gitara u stilu dreadnoughta s vrhom od čvrste Sitka smreke i stražnjim i bočnim stranama od mahagonija. Poznat je po svom toplom, punom zvuku.
* Martin D-45:Ovo je skuplja verzija D-28 s ograničenim izdanjem, s vrhom od čvrste Adirondack smreke i stražnjim i bočnim stranama od ružinog drveta.
* Martin OM-28:Ovo je gitara manjeg tijela od D-28 i D-45, s delikatnijim zvukom. Pogodan je za prebiranje prstima i drndanje.
* Gibson J-45:Ovo je klasična Gibsonova akustična gitara, s vrhom od čvrste Sitka smreke i stražnjim i bočnim stranama od mahagonija. J-45 ima topao, snažan zvuk koji je savršen za sviranje ritma.
* Fender Stratocaster:Ovo je klasična električna gitara iz Fendera, sa čvrstim tijelom od johe, vratom od javora i tri magneta s jednom zavojnicom. Stratocaster je poznat po svom svijetlom, zvonkom zvuku.
Juanes je vrlo vješt gitarist i iz svojih gitara može dobiti širok raspon zvukova. On je majstor i akustične i električne gitare, a jednako mu je ugodno svirati i ritam.