Međutim, kasnija istraživanja dala su proturječne rezultate, pri čemu su neke studije pronašle pozitivne učinke Mozartove glazbe na kognitivnu izvedbu, dok druge nisu pronašle nikakav učinak ili čak negativne učinke. Izvorna studija koristila je mali uzorak i nije uključivala kontrolnu skupinu, što je ograničavalo njezinu valjanost. Kasnije studije koje su koristile rigoroznije istraživačke nacrte često nisu uspjele replicirati Mozartov učinak ili su otkrile da se on ne generalizira na druge vrste glazbe ili na dugoročna poboljšanja kognitivnih sposobnosti.
Kritika i ograničenja:
1. Nedostatak znanstvene strogosti: Mnoge kasnije studije nisu uspjele ponoviti nalaze izvorne studije. Kritike su uključivale male veličine uzorka, neadekvatne kontrole i metodološke nedostatke.
2. Nedostatak mogućnosti generalizacije: Čak i kad su primijećeni pozitivni učinci, oni su često bili ograničeni na specifične kognitivne zadatke i nisu se dosljedno primjenjivali na pojedince ili različite glazbene skladbe.
3. Kratkoročni učinci: Sva opažena poboljšanja često su bila prolazna i nisu se pretvorila u trajna kognitivna poboljšanja.
4. Varijable koje zbunjuju: Drugi čimbenici, kao što su individualne razlike u glazbenim preferencijama i emocionalni odgovori na glazbu, mogu utjecati na kognitivni učinak.
5. Utjecaj neglazbenih čimbenika: Percipirani "Mozartov efekt" mogao bi biti posljedica čimbenika kao što su pristranost očekivanja ili učinci opuštanja glazbe, a ne inherentne kvalitete Mozartovih skladbi.
6. Nedostatak dugoročnih dobrobiti: Nema dokaza koji podupiru ideju da slušanje Mozartove glazbe vodi do dugoročnih kognitivnih poboljšanja ili povećanja inteligencije.
7. Individualne razlike: Reakcija na glazbu uvelike varira od pojedinca do pojedinca, a ono što odgovara jednoj osobi ne mora imati isti učinak na drugu.
8. Ograničene praktične implikacije: Čak i kad bi se Mozartov učinak dosljedno promatrao, njegova bi veličina bila mala i malo je vjerojatno da bi imao značajan praktični utjecaj na kognitivne sposobnosti.
Unatoč ograničenjima i kontroverzama oko Mozart efekta, on je potaknuo zanimanje za potencijalne kognitivne učinke glazbe. Istraživanja nastavljaju istraživati kako glazba, uključujući različite vrste glazbe i njezine različite elemente (npr. ritam, melodija, harmonija), može utjecati na rad mozga i ponašanje. Međutim, treba naglasiti da su svi promatrani učinci složeni, višestrani i pod utjecajem različitih individualnih i kontekstualnih čimbenika.