Razgradnja organskih materijala: Glazbeni instrumenti i drugi predmeti povezani s glazbom, poput bubnjeva, flauta i zvečki, često su izrađeni od organskih materijala koji se s vremenom razgrađuju. To otežava pronalaženje i proučavanje ovih artefakata.
Kulturalne promjene i migracije: Kako se kulture razvijaju i migriraju, mijenjaju se i njihove glazbene tradicije. Zbog toga je teško pratiti razvoj glazbe kroz vrijeme, osobito kada nedostaje pisanih zapisa.
Ograničenja arheoloških dokaza: Arheološka iskapanja mogu pružiti neke uvide u glazbene prakse ranih kultura, poput otkrića glazbenih instrumenata ili prikaza glazbenika u umjetnosti. Međutim, ovi nalazi mogu biti fragmentarni i možda ne pružaju potpunu sliku njihovih glazbenih tradicija.
Subjektivna tumačenja: Prilikom tumačenja arheoloških dokaza ili povijesnih izvještaja, istraživači mogu donositi subjektivne prosudbe o značenju i značaju tih nalaza. To može dovesti do različitih tumačenja i neslaganja među znanstvenicima.
Tajnost i ekskluzivnost: Neki glazbeni običaji možda su držani u tajnosti ili ograničeni na određene skupine ljudi unutar društva, što otežava strancima da saznaju o njima.