1. Jokerova zagonetka:
Ovaj je ozloglašen i često se pripisuje Jokeru:
* "Zašto tako ozbiljno?"
Iako tehnički nije zagonetka, predstavlja Jokerovu kaotičnu filozofiju i temeljno pitanje koje on postavlja Batmanu o razumu i značenju reda. To je zagonetka o Jokerovom postojanju i prirodi njegovog ludila.
2. Zagonetka identiteta:
Mnoge od Jokerovih zagonetki usredotočene su na temu identiteta i zamagljivanja granica između dobra i zla.
* "Što je luđe, čovjek koji misli da je šišmiš ili čovjek koji misli da je klaun?"
Ova zagonetka naglašava Jokerov pogled na Batmana i inherentnu apsurdnost njihovih uloga. Traži od igrača da preispita vlastitu percepciju razuma i prirode pravde.
3. Riddlerova posljednja zagonetka:
U Arkham Asylum, Riddlerova zadnja zagonetka u igri više je zagonetka nego zagonetka:
* Zagonetačeva šifra:
Ova šifra zahtijeva od igrača da dešifrira kodiranu poruku, koja konačno vodi do lokacije Riddlerovog posljednjeg oružja. Ova zagonetka testira igračeve vještine zaključivanja i zahtijeva oštro oko za detalje, ključni aspekt Batmanova detektivskog rada.
U konačnici, "ultimativna zagonetka" u Arkham Asylum više se odnosi na igračevo tumačenje tema igre i njihovo razumijevanje motivacije likova. Svaka zagonetka, jednostavna ili složena, poziva nas da razmotrimo psihološke i filozofske dimenzije svijeta Arkham Asylum.