U ovoj seriji, glavni lik, Mikey Kudo, i njegovi prijatelji prebačeni su u digitalni svijet i povezuju se s Digimon partnerima. Međutim, umjesto da budu izravno transformirani, oni postaju "stopljeni" sa svojim Digimonom, što rezultira hibridnim oblikom čovjeka i Digimona nazvanim "Fusion Fighters". To im omogućuje da iskoriste Digimonove sposobnosti i bore se uz njih.
Serija istražuje teme prijateljstva, timskog rada i svladavanja izazova dok se snalazite u opasnostima digitalnog svijeta.