Filmovi:
* Pink Flamingos (1972): Waters je igrao ulogu "The Divine" u ovom kultnom klasičnom filmu.
* Desperate Living (1977): Također se pojavio kao "The Divine" u ovom filmu.
* Poliester (1981): Waters je igrao ulogu "The Divine" i također je režirao ovaj film.
* Lak za kosu (1988): Waters je u ovom filmu glumio prodavača u dućanu ploča.
* Cry-Baby (1990): Nakratko se pojavio kao ravnatelj škole.
* Serial Mom (1994): Waters je u ovom filmu igrao ulogu "The Divine".
* Pecker (1998): Ponovno se pojavio kao "The Divine" u ovom filmu.
* Prljava sramota (2004.): Waters je u ovom filmu igrao ulogu "The Divine".
* Ovaj prljavi svijet (2006): Pojavio se u ovom dokumentarcu o svom životu i radu.
* Fruitvale Station (2013): Waters se pojavio kao epizodni reporter.
* Kuća koju je sagradio Jack (2018): Waters je igrao malu ulogu u ovom filmu Larsa von Triera.
Televizija:
* Simpsonovi (1991): Waters je sam sebe izrazio u epizodi "Homer Defined".
* South Park (1997): Također je izrazio sebe u epizodi "Chef Aid".
* Obitelj Soprano (2001.): Waters je imao epizodnu ulogu redatelja u epizodi "Plavi komet".
* Zaustavljeni razvoj (2003): Imao je malu ulogu u epizodi "The Immaculate Election".
* The Larry Sanders Show (1992-1998): Waters se nekoliko puta pojavio kao on sam u ovoj emisiji.
* Ružna Betty (2006.-2010.): Pojavio se kao on sam u epizodi "Ugly Betty's World".
* RuPaul's Drag Race (2010.-danas): Waters se mnogo puta pojavljivao kao gostujući sudac u ovoj emisiji.
Dok su njegovi nastupi u drugim projektima ograničeni, John Waters je najpoznatiji po svojim jedinstvenim i utjecajnim filmovima.