Televizija:
* Muškarci koji se loše ponašaju (1992.-1998.): Ovaj sitcom lansirao je Clunesa u glavni uspjeh, glumeći šarmantno nesretnog Garyja.
* Doc Martin (2004.-danas): Clunesova možda najikoničnija uloga, glumi grubog, ali simpatičnog liječnika u kornvolskom gradu Portwennu.
* Reggie Perrin (2007.-2009.): Remake klasičnog britanskog sitcoma "Uspon i pad Reggieja Perrina".
* Veliki bijeg (2003): Miniserija u dva dijela u kojoj je Clunes glumio Rogera Bushell-a.
* Jonathan Creek (2000.-2016.): Pojavio se u nekoliko epizoda ove misteriozne serije kao najbolji prijatelj titularne junakinje, Maddyin muž.
* Zapovjednik (1998.-2000.): Glumio je glavnu ulogu zapovjednika Jacka Harpera, časnika Kraljevske mornarice.
* William i Mary (2003.-2010.): Pojavio se kao lik koji se ponavlja, šogor titularnog lika.
* The Palace (2008): Glumio je ulogu člana kraljevske obitelji u ovoj satiričnoj humorističkoj seriji.
* Manhunt (2019): Glumio je inspektora Colina Suttona u ovoj istinitoj kriminalističkoj seriji o hvatanju Levija Bellfielda.
* Kraljičin nos (2001): Izrazio lik psa koji govori, "Kraljičin nos", u ovoj dječjoj seriji.
Filmovi:
* Otkucaj srca (1992.): Clunes je glumio u filmskoj verziji popularne ITV serije.
* The Lakes (2000): Romantični triler u kojem Clunes glumi muškarca opsjednutog ženom.
* Vremenski stroj (2002): Igrao je ulogu Alexandera Hartdegena, znanstvenika koji putuje u budućnost.
* Posljednji detektiv (2003): Detektivski triler temeljen na seriji romana autora Michaela Connellyja.
* Tri i izvan (2011.): Mračna komedija u kojoj Clunes glumi ostarjelog nogometaša.
* Legenda o Barneyju Thomsonu (2015.): Crna komedija u kojoj Clunes glumi brijača koji slučajno postaje serijski ubojica.
* SuperBob (2015): Glumio je čovjeka blage naravi koji je prisiljen postati superheroj.
Ovo nije iscrpan popis, ali uključuje neke od njegovih najznačajnijih i najpoznatijih projekata.