stvarnost nasuprot iluziji: Središnja tema je priroda stvarnosti i je li naša percepcija o njoj točna. Matrica predstavlja svijet u kojem su ljudi nesvjesno zarobljeni u simuliranoj stvarnosti koju kontroliraju strojevi, dovodeći u pitanje granice između onoga što je stvarno i onoga što je simulirano.
Slobodna volja i izbor: Film istražuje ideju slobodne volje i kako se lako može manipulirati. Likovi se bore s posljedicama njihovog izbora i potencijala i za osobno oslobađanje i društvene promjene.
ljudsko stanje: Matrica ispituje ljudsku prirodu i borbe preživljavanja, identiteta i svrhe. Istražuje teme izolacije, otuđenosti i potrage za značenjem u naizgled besmislenom svijetu.
Tehnologija i kontrola: Film izaziva zabrinutost zbog potencijalnih opasnosti napredne tehnologije i njegove sposobnosti kontrole i manipuliranja čovječanstvom. Upozorava na potencijal da strojevi postanu moćniji od ljudi i dominiraju u društvu.
Priroda istine: Film izaziva gledatelje da dovode u pitanje za što vjeruju da je istinito i da razmotre mogućnost alternativne stvarnosti. Likovi su prisiljeni suočiti se s vlastitim pristranostima i pretpostavkama, u konačnici otkrivajući važnost traženja istine.
Snaga vjerovanja: Matrica naglašava značaj pojedinačnih uvjerenja i utjecaj koji imaju na našu percepciju stvarnosti. Film sugerira da se snaga vjerovanja može koristiti za prevladavanje prepreka i postizanje naizgled nemogućih ciljeva.
U konačnici, matrica je film koji poziva gledatelje da kritički razmišljaju o svijetu oko sebe i dovode u pitanje prirodu vlastite stvarnosti.