* Légion d'honneur (Legija časti) , najviši francuski orden za zasluge, dodijeljen mu je 1878. i 1881. godine.
* Medalja Copley (1874.) , jedna od najstarijih i najprestižnijih znanstvenih nagrada Kraljevskog društva iz Londona.
* Albertova medalja (1882.) , koju dodjeljuje Royal Society of Arts kao priznanje za njegov izniman doprinos znanosti i tehnologiji.
* Također je bio izabran u nekoliko prestižnih akademija , uključujući Francusku akademiju znanosti, Kraljevsko društvo u Londonu i Académie Française.
Ovo su samo neke od mnogih nagrada i počasti koje je Louis Pasteur dobio tijekom svoje karijere. Općenito ga se smatra jednim od najvažnijih znanstvenika svih vremena, a njegov je rad imao dubok utjecaj na ljudsko zdravlje i dobrobit.