Znanstvene počasti:
* Copleyjeva medalja (1874.) :Dodijeljeno od strane Kraljevskog društva iz Londona, jedne od najprestižnijih znanstvenih nagrada u svijetu, za njegov rad o fermentaciji i teoriji bolesti o klicama.
* Rumfordova medalja (1874.) :Nagradu Kraljevskog društva iz Londona za istraživanje polarizacije svjetlosti i njezine primjene.
* Albertova medalja (1881.) :Nagradu Kraljevskog društva za umjetnost za njegov doprinos javnom zdravstvu i prevenciji bolesti.
* Vitez Legije časti (1853.) :Prestižna francuska čast, koja se dodjeljuje pojedincima koji su dali značajan doprinos naciji.
* Veliki križ Legije časti (1881.) :Najviši čin Legije časti, kojim se prepoznaju Pasteurova iznimna postignuća.
* Član Francuske akademije znanosti (1862.) :Jedno od najviših znanstvenih priznanja u Francuskoj.
* Strani član Kraljevskog društva (1869.) :Čast za njegov doprinos znanosti izvan Ujedinjenog Kraljevstva.
Ostale nagrade:
* Nagrada Francuske akademije znanosti (1856.) :Nagrađen za rad na fermentaciji.
* Nagrada Pariške akademije znanosti (1862.) :Nagrađen za rad na teoriji klica bolesti.
Osim ovih specifičnih nagrada, Pasteur je tijekom svoje karijere primio i brojne druge počasti i priznanja, čime je učvrstio svoju ostavštinu kao jednog od najutjecajnijih znanstvenika 19. stoljeća.